もうとっくに解決済みだと思いますが、私も同じ症状で試行錯誤していて、SOTOに問い合わせたところ解決しましたので、お困りの方の今後の参考になればと思い、こちらにコメントを残させていただきます。

マニュアルにはロックをして、と書いてありますが、ロックをしなければ充填できない訳ではなく、誤動作を防ぐ安全のためだそうです。
またネットでは火力を最大（+）にして、という記述も見ることがありますが、これも特に関係無いそうです。
充填するガスですが、普通のガスライター用の物でも、カセットコンロのCB缶でも大丈夫とのこと。

で私の場合は、担当の方からの助言で注入口を千枚通しの様な物で押したり戻したりを繰り返した後で上にして、説明書通り上から下にボンベを押しつけたところ、数秒で満タンに充填することが出来ました。
おそらくですが、注入口のバルブの開閉がうまく行って無く、中までガスが入っていかない状態だったみたいです。
ここを押し戻ししたことで開閉が正常になったと推測されます。

直接は関係ありませんでしたが、内外の気圧差を高するため、ガストーチを冷蔵庫で冷やしておいてから充填すると、ガスが入りやすい場合もあるとコメントいただきました。

今後同じような事が起こった時に、役立つかもしれませんので、参考まで。